SQL Server 2016 RTM, na rozdíl třeba od své RC0, již ve svém hlavním instalátoru nenabízí check-box na instalaci LocalDB, přesněji řečeno “někdy nabízí, někdy nenabízí”. Zřejmě podle toho, jestli už na stroji něco nachází, nebo ne. Každopádně doinstalaci provedete samostatným instalátorem, který je na SQL Server DVD:

<dvd>:\1033_ENU_LP\x64\Setup\x64\SqlLocalDB.msi

PS: Při instalaci SQL Serveru 2016 Express by měl být checkbox LocalDB ve fázi Feature Selection, ale ani na Expressu se mi nenabízel.